中国儒、道两家均认为：阴阳学说是中华文化之始祖。远在上古时代，就有了阴阳图腾，即太极八卦图等。阴阳最初是指日光的向背；向日为阳，背日为阴。《易传》言“一阳一阴谓之道”，把阴阳两极的交替变化，看做是宇宙发展的根本规律。战国时期邹衍等人将阴阳与“天人感应”结合起来，汉代董仲舒加以神秘化和理论化，认为阴阳关系只宜协调而不可错乱，否则人与事物必有灾祸。这种具有一定合理性的阴阳学说，对东方文化影响深远。而宏伟的紫禁城，就是以古代的阴阳五行学说为建筑思想，并且最终成为了阴阳五行学说建筑实践的典范。
建筑师把紫禁城中最大的奉天殿（太和殿）布置在中央，供皇帝使用。奉天殿、华盖殿（中和殿）、谨身殿（保和殿）是“前朝”，属阳，体现阳刚之气，太和殿则是阳中之阳。依“偶阴奇阳”的数理，阳区有“前三殿”、“三朝五门”之制，阴区则有“六宫六寝”格局。秀丽的“后廷”三宫六院中央是乾清、坤宁、交泰三宫，左右是东西六宫，总计是十五宫，属阴，以显阴柔之美，坤宁宫则是阴中之阴。这些设计代表着阴阳共生互对的思想。
虽然阴阳相对，但同时阴阳又是可以互相转化的，阴中有阳，阳中有阴。这一思想在紫禁城中主要体现在“前朝”保和殿和“后廷”乾清宫上，其中前者为阳中之阴，后者则是阴中之阳。古人言：“善补阳者，当从阴中求阳；善补阴者，当从阳中求阴。”太极图中的阴阳鱼则明显地反映了阴阳互补的理念。前朝部分如同太极图里的阳（白）鱼，保和殿是黑色鱼眼，以体现阳中之阴；后廷部分则似太和殿的阴（黑）鱼，乾清宫是白色鱼眼，以体现阴中之阳。中和殿与交泰殿则分别设置于阴阳两大建筑之间，这就起到阴阳调和的巧妙作用，充分体现了阴阳交感、天下太平的哲理。
而太和殿与乾清宫，虽同属阳，但地理有别。太和殿以三层汉白玉高台托起，前广场内明堂壮阔。乾清宫的前庭院，台基别致，前半为白石勾栏须弥座，后半为青砖台基，形成独特的“阴阳合德”的结合。
紫禁城内南墙属乾阳，城门设三个，取象于天。北门则设城门二个，属坤阴，取象于地。皇城中央序列中布置五个门，取象于人。天、地、人三才齐备，全城宛如宇宙缩影。城市形数匹配，形同涵盖天地的八卦巨阵。
而我们通常说的“五行”即指金、木、水、火、土。《尚书-洪范》中认为：天地万物是由金、木、水、火、土五种基本物质构成。五行具有相生相克的运动规律。相生为：木生火、火生土、土生金、金生水、水生木，其顺序衍生，循环不已。相克为：木克土、土克水、水克火、火克金、金克木。由于五行相生相克的矛盾运动，因此产生了春（木）、夏（火）、秋（金）、冬（水）的四季，以及东（木）、西（金）、南（火）、北（水）、中（土）的五大方位。五行学说在紫禁城建筑设计中同样得到了大量作用。
前朝三大殿建于“土”字形的露台上，以表示“土居中”和“天下之地莫非王土”之意。又如将前朝三大殿设于皇宫南部，从火主大，故作施政要地；三宫六院置于北方，从水主藏，因而作为寝宫。将掌管文化、文治的衙门设于东侧宫殿，从木从春；把管理兵刑、武备的衙门置于西侧殿宇，以从金从秋。
五行也代表着不同的色彩，即青（木）、赤（火）、黄（土）、白（金）、黑（水）。皇宫所有单体建筑，也因性质不同而选用了不同的颜色。紫禁城以红、黄色调为主，以表示帝王之居的至尊至大和为天下的统治中心的涵意。宫墙、殿柱用红色，红属火，属光明正大；黄属土，土居中央，皇帝必居中；皇宫东部屋顶用绿色，属东方木绿，属春，用于皇子居住；城北部的天一门，墙色用黑，北方属水，为黑；藏书的文渊阁，用黑瓦、黑墙，黑为水，可克火，利于藏书；二层的文渊阁室内，上层为通间一大间，下层分隔为六间，体现“天一生水，地六成之”的《易经》思想；天安门至端门不栽树，意为南方属火。从紫禁城的总体布局及机构设置来看，建筑设计师是非常巧妙而综合性地运用了儒、道学说中的阴阳五行、四象三垣、前朝后廷、左祖右社、文东武西和天南地北等一整套理论法则而兴建起来的，其广博而深刻的文化底蕴和精湛的建筑工程技术无不令世人叹为观止。
